В мирные деньки нашей планеты внезапно врываются таинственные летательные аппараты, позже названные «Дзай», способные уничтожить все воздушные боевые силы человечества. Для борьбы с вражескими самолётами каждая страна начнет разрабатывать специальное оружие под названием «Дочери», управляемые автоматическими механизмами пилотирования «анима», которые выглядят как обычные девушки. Вот уже несколько лет Дзай продолжают штурмовать военные силы Восточной Азии. Возвращаясь в Японию, флот, на котором находился главный герой истории — Кэй Нарутани, был атакован Дзай вблизи китайского города Шанхай. Во время побега на спасательной шлюпке парень увидел, как красный истребитель выстрелил во вражеский летательный аппарат. Но не всё так хорошо: истребитель был подбит и упал в море. Не долго думая, Кэй решил помочь, но вместо пилота, одетого в оборудование, он обнаружил маленькую хрупкую девочку по имени Грипен, которая является последней надеждой человечества.